El Instituto se rige por un Patronato en el que están representadas las tres entidades promotoras, el Claustro Científico (formado por todos los profesores e investigadores de plantilla), la Junta (formada por los profesores e investigadores doctores de plantilla más una representación de otros investigadores, técnicos superiores, becarios y el personal de administración y servicios) y  la Dirección, nombrada por el Patronato a propuesta de la Junta. Cuenta, asimismo, con un Consejo Asesor, encargado de informar y asesorar sobre los aspectos científicos, la calidad técnica y el interés social de las actividades del Instituto. La composición actual de los Órganos de Gobierno es la siguiente:

Patronato

  • Pazos Carro, Ángel (Excmo. Sr. Rector de la Universidad de Cantabria. Presidente del Patronato)
  • Botín Sanz de Sautuola y O’Shea, Javier (Representante del Grupo Santander)
  • Fernández Mañanes, Francisco (Sr. Consejero de Educación, Cultura y Deporte del Gobierno de Cantabria)
  • Guilaine, Jean (Presidente del Consejo Asesor)
  • González Urquijo, Jesús Emilio (Director del Instituto)

Consejo Asesor

  • Dr. Jean Guilaine (Chaire de Civilisations d l’Europe au Néolithique et à l’Âge du Bronze, Collège de France) 
  • Dr. Takeru Akazawa (Professor en Nichibunken, International Research Center for Japanese Studies, Kyoto, Japón)
  • Dr. Juan Luis Arsuaga Ferreras (Catedrático de Paleontología de la Universidad Complutense de Madrid)
  • Dr. Ofer Bar-Yosef (Professor of Prehistoric Archaeology, Curator of Paleolithic Archaeology en el Peabody Museum of Archaeology and Ethnology, Harvard University)
  • Dr. Gerhard Bosinski (Professor fur Ur-und Fruhgeschichte, Universitat zu Kolnleiter des Forschungsbereichs Altsteinzeit des Romisch-Germanischen Zentralmuseums Mainz)
  • Prof. Lord Renfrew of Kaimsthorn (Professor of Archaeology, University of Cambridge, Director of MacDonald Institute for Archaeological Research)

Claustro Científico

  • Arias Cabal, Pablo
  • Armendariz Gutiérrez, Ángel
  • González Morales, Manuel Ramón
  • González Sáinz, César
  • González Urquijo, Jesús Emilio (Director)
  • Ontañón Peredo, Roberto
  • Sánchez Carro, Miguel Ángel

Junta de Instituto

  • Arias Cabal, Pablo 
  • Armendariz Gutiérrez, Ángel
  • González Morales, Manuel Ramón
  • González Sáinz, César
  • González Urquijo, Jesús Emilio (Director)
  • Marín Arroyo, Ana Belén
  • Ontañón Peredo, Roberto
  • Sánchez Carro, Miguel Ángel

Dirección

  • González Urquijo, Jesús Emilio