El Patronato está compuesto, en diferentes grados, por representantes de las instituciones cotitulares del Instituto: Universidad de Cantabria, Gobierno de Cantabria y Grupo Santander; y por la directiva del Instituto. Su labor se centra en el correcto funcionamiento administrativo, económico y estructural del Instituto, gracias a las aportaciones que, en virtud del Convenio firmado entre las partes, ofrece cada entidad:
- La Universidad de Cantabria, brindando sus instalaciones y asumiendo la administración del personal y del equipamiento científico.
- El Grupo Santander, aportando recursos económicos.
- El Gobierno de Cantabria, además de posicionarse como entidad superior administrativa responsable de la gestión del patrimonio arqueológico regional, concede diferentes aportaciones a través de convenios acordados con proyectos de investigación ejecutados por el Instituto y partidas específicas para actividades de difusión (reuniones científicas, conferencias, publicaciones, etc.)
